
Les facteurs cis (sequence d'ADN) peuvent être situé sur le promoteur, sur les régions régulatrices d'amont (enhancers, silencers, insulateurs), sur les régions régulatrices d'aval (action sur la stabilité et demi-vie des ARNm).
Les facteurs cis peuvent donc faire parti de régions régulatrices d'amont, mais ils peuvent également être présents sur d'autres régions.
Les facteurs trans par contre, sont essentiellement des protéine nucléaires. Elle ne font pas parti des séquence régulatrice à proprement parler (car il ne s'agit pas de séquence d'ADN). Les facteurs trans, peuvent se lier aux facteurs cis (présents notamment sur la région régulatrice d'amont) pour pouvoir réguler l'expression du gène.